纳木错所在的青藏高原,是起自于约7000万年前开始的造山运动中欧亚大陆板块与印度板块相挤压而隆起的产物。纳木错是第三纪末和第四纪初,喜马拉雅运动凹陷而形成的巨大湖盆。其形成和发育受地质构造控制,是经喜马拉雅运动凹陷而成,为断陷构造湖,并具冰川作用的痕迹。